Wszystkie zarejestrowane stowarzyszenia i fundacje zobowiązane są do prowadzenia rozliczeń, dokonywania sprawozdań i zapisywania wszelkich operacji gospodarczych. W organizacjach pozarządowych stosuje się tzw. księgowość pełną, uproszczoną lub ewidencjonuje się przychody i koszty.
Ponadto, organizacje muszą sporządzać także po każdym roku działalności sprawozdanie finansowe składające się z bilansu, rachunku zysków i strat oraz informacji dodatkowej i wysyłać je do urzędu skarbowego lub do rejestru sądowego.
Prowadzenie ksiąg rachunkowych jest obowiązkiem zarówno stowarzyszenia jak i fundacji oraz innych jednostek, których przepisy odnośnie księgowości wynikają z ustawy o rachunkowości.
Co do sposobu ewidencji większość organizacji decyduje się na formę papierową. Skuteczność tej metody jest opłacalna dla osoby fizycznej, dopóki w podmiocie gospodarczym liczba operacji finansowych w ciągu roku jest niewielka. W innym przypadku księgowość dla stowarzyszenia prowadzona jest za pomocą odpowiednich programów księgowych, które są proste w obsłudze i usprawniają pracę podmiotu gospodarczego, lub zatrudniają firmy zewnętrzne świadczące usługę w postaci prowadzenia zarówno pełnej jak i uproszczonej księgowości.